為掌理全校會計事務，建立合理與健全的會計制度，設置會計室。
本室掌理事項說明如下。
一、辦理全校性收入、支出憑證審核及入帳相關會計作業。
二、辦理年度預算相關作業及函報教育部事宜。
三、辦理年度決算相關作業及函報教育部事宜。
四、辦理科技部、衛福部…等計劃補助之憑證審核及帳務處理作業。
五、辦理各項教育部、其他政府機關補助款憑證審核及帳務處理作業。
六、學雜費帳務作業。
七、辦理各項稅務申報作業。
八、辦理編製各類會計表報作業。
九、配合會計師年度財簽及稅簽作業。
十、十萬元招標案件之開標、監標及驗標作業。
十一、財務自主檢核作業。